A legendás, víz alatti Mu birodalom visszatér, és megpróbálja leigázni a felszíni világot. Az emberiség egyetlen reménye a Gotengo (Atragon) nevű különleges hadihajó, amelyet egy elszigetelten élő volt haditengerészeti kapitány épített. A hajó legénysége végül szembeszáll Mu seregeivel, és megakadályozza a világ pusztulását.